Вторая половина XIX века
Устройство Никольского придела
Важным моментом в истории Спасской церкви явился 1850 год, когда при Николае Борисовиче Юсупове-младшем (внуке знаменитого князя) (1827-1891) был составлен проект нового южного придела во имя Св. Николая Чудотворца, значительно увеличившего церковное пространство. Сохранились проектные чертежи этой постройки, подписанные архитектором Василием Дрегаловым (возможно, крепостным Юсуповых), работавшим в это же время и на строительстве московских домов князя. Проект был утвержден Московской Духовной Консисторией 4 мая 1850 года.
Новый придел был устроен на месте сломанной южной части обходной галереи. Облик нового придела был решен весьма тактично. По плану он был симметричен северному приделу и также устроен одноглавым. Только арочная форма окон отличает его от прежних построек, где они завершаются клинчатыми перемычками. Южный придел был освящен в 1853 году во имя святителя Николая.
Во второй половине XIX века храм, как и в прежние годы, оставался вотчинной, усадебной церковью владельцев села князей Юсуповых. В 1859 году Н.Б. Юсупов-младший построил к югу от храма деревянную богадельню во имя св. вмц. Татианы "для призрения дворовых людей".
Накануне запустения
На плане усадьбы конца XIX – начала XX века под церковью и богадельней значится 1075 квадратных саженей, под постройками причта 1725 кв. саженей (около 7855 м2), под кладбищем 1006 саженей (около 4581 м2). На рубеже XIX-XX веков владельцы имения уже не уделяли ему прежнего внимания. Территория разбивается на участки, которые сдаются под дачи москвичам.
В 1903 году настоятелем Спасской церкви священником Николаем Тропаревским (1877-1917) был произведен капитальный ремонт храма. Благодаря устройству новых печей весь храм стал теплым, были сделаны новые полы, вызолочены иконостасы, значительно пополнена церковная утварь. К этому времени относится появление росписи стен растительным орнаментом (ее можно увидеть на фотографии внутреннего убранства Владимирского придела начала XX века).
Однако, в это время имение Спасское-Котово, вероятно, теряет значение в глазах его хозяев. По воспоминаниям Феликса Феликсовича Юсупова-младшего (1887-1967), посетившего Спасское в 1912 году, оно уже находилось в запущенном состоянии.